陽明山國家公園雖位於亞熱帶氣候區，但受到下面兩項重要因素的影響，使本區植被的分布異於同緯度的其他地區；首先，因為後火山活軌的影嚮，使區內土壤溫度偏高、缺鈣，且呈強酸性；再者，因為冬季東北季風直撲而下，帶來過多的雨量，氣溫亦明顯偏低，致使本區除了擁有亞熱帶雨林、暖溫帶常綠闊葉林與山脊矮草原等不同的植物帶外，甚至連生長於中央山脈海拔 2500 公尺的高山植物亦可在此見到蹤影。
夏天可看得到葉片似鴨掌的水鴨腳 秋海棠盛開的景象 3.4月可見金毛杜鵑開花盛況 狹瓣八仙為本園優勢陽性灌叢植物常見於林緣，花期5至7月
目前園區內的植物種類含部份馴化栽培種共約有 1,360 種，其生育環境包括了水生與陸生兩種衍生環境，而陸生環境大致又可粗分為芒草原、矢竹林、闊葉林與人工造林等四類。
因分布上之特殊意義，而足以做為園區代表的植物，包括鐘萼木、島槐、野鴉樁、大吳風草等；而原本分布在台灣中海拔的植物，如台灣掌葉槭、昆欄樹、高山酢醬草、傅氏唐松草、台灣龍膽、台灣藤漆、稀子蕨、魚鱗厥、韓氏烏毛蕨等在本區亦可見到。其他還包括台灣金線蓮、八角蓮、十大功勞、四照花、大屯杜鵑等特有或稀有植物，於園區內亦有分布。
在日照充足地區可找到倒地蜈蚣的倩影 夏枯草廣見於園內日照充足地區，因植株於夏季凋萎得名 過山龍廣見於向陽與乾燥坡面，為蕨類植物，因其植株蔓延甚長而得名
本區的「芒草」大多為「白背芒」，為中國芒的變種，是一種具韌性的禾本科植物，常生長於其他植物所不能忍受的地質、地形條件之下，可以說是台灣最常見的草本植物之一。陽明山國家公園內之白背芒，因生長區位的不同，而有著與其他地區不同外形上的變化；如小油坑、馬槽至冷水坑、大油坑至擎天崗一帶，因為受到火山地區高熱、強酸的侵蝕，土壤結構鬆散、上層淺薄，只有少數耐強酸的植物，如地衣、苔蘇、藍綠藻才能生存，而在火山熱霧籠罩下的坡面更只能生長芒草，形成廣闊的芒草原，它們的植株比起其他地區的芒草要矮小的多，花穗也由原來的白色替換呈紅色，每年十月間，鮮紅的花在盛開，蔚為本區特有的芒草原景觀。
矢竹，又稱箭竹，其高度約僅1、2公尺，竹桿細而堅韌，以往原住民常將其製成箭桿，所以才有此一名稱。陽明山區生長的這種，是台灣三種矢竹中的「包籜矢竹」，它們大多分布於陽明山區海拔 800 公尺以上的背風坡面，例如：竹子山、小觀音山、大屯山、七星山等山脈的稜線上，是園區內重要的優勢植物之一。
闊葉林大約分布在海拔 500 公尺到 900 公尺的範圍，主要以高大的樟科植物為主，例如：常見的紅楠、大葉楠、伴生著昆欄樹、楓香、山櫻、楊桐、墨點櫻桃等各類喬木及柃木、長梗紫麻、狹瓣八仙花、燈稱花等低矮的灌木，配合著草本植物和穿梭林間的藤蔓植物，構成本區極具垂直變化的植物世界，提供各種鳥類、昆蟲、哺乳動物、兩棲類動物等絕佳的棲息、覓食與活動空間。
七星山穀精草 水毛花 台灣水韭
水生植物大多介布於火山口川沼澤濕地與池沼內， 例如大屯池、二子坪、夢幻湖、向天池、磺嘴池、 大尖後山出沼澤區等地點，而又以七星山腰的夢幻湖最為著名； 當地海拔約 850 公尺， 湖底腐植土深厚，在眾多水生植物中有一種稀有的水生蕨類－台灣水韭，其外形 與我們口常食用的韭菜相似，惟植株較小， 為本區最特殊的沈水植物；其他的伴生植物還有七星山穀精草、日本針蘭、水毛花、燈心草、荸薺等等。這些池沼受到雨量的影嚮，水量隨季節而有很大的變化，因此池中的植物亦很難將其單純歸類為沈水、挺水或濕生植物，通常多兼具了二或三種生態地位的特質。
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